Ruim 120 bedrijven hebben een boete gekregen omdat ze zich in 2009 niet aan de mestwetregels hebben gehouden. Ruim 2500 bedrijven zijn gecontroleerd voor de mestboekhouding 2009, in totaal heeft Dienst Regelingen bedrijven voor 2,5 miljoen euro aan boetes opgelegd.
DR is samen met de nieuwe Voedsel en Waren Autoriteit (nVWA) verantwoordelijk voor de handhaving van het mestbeleid. Het onderzoek van DR en de nVWA richtte zich op de verantwoordingsplicht en de gebruiksnormen. Bedrijven die zich in eerste instantie niet voldoende konden verantwoorden, kregen later nog de mogelijkheid dit te doen. Dit heeft in een aantal gevallen tot een lagere boete geleid.
Over het jaar 2009 is dertien keer de maximale boete van € 45.000 opgelegd. Het maximale boetebedrag is per 18 juni 2011 verhoogd van € 45.000 naar € 76.000 voor natuurlijke personen. Voor rechtspersonen, maatschappen en vennootschappen zonder rechtspersoonlijkheid is het boetebedrag in 2011 verhoogd van € 450.000 naar € 760.000. De boetebedragen komen nu overeen met de boetemaxima genoemd in de Wet op de economische delicten.